ご相談の件、それは、ホントひどい話だと思います。
まず、本件責任は、この書きこまれた内容から判断すると、設計士にあると思います。設計士には建築基準法等、法令の順守義務があります。設計士の役割は、本来法律に適合させながら全体がうまくいくようにする「総合調整」であるはずなので、現場が勝手にやった知りませんでは、何のためにいるのかわからないし、ましてや本件は施主さんが相談しています。
百歩譲って、安全上、実際のところ、その1.5センチの隙間でも「問題ない」と仮定しましょう（それは、私にはなんとも言えません。モキで、こういう設置で、具体的にこういう部材が近接してるとか、そういうのなら判断できますが）。それでも、本件は、おそらく法令違反です。
いくら自分の実質判断に自信があろうとも、施主さんに「法令違反を強要する」のは、完全におかしいです。逆、施主さんが「法令違反でもこうしたい」があって、そこから、専門家として実質判断なら、まだ、話はわかりますが……
要するに、専門家としての設計士の存在意義に照らしてもおかしいし、施主さんが嫌がるものを強要するというのは、基本的な仕事への「取組み姿勢」や「態度」としてもおかしいです。
なんで、こんな人がいるのか、よくわかりませんが、やり直しは設計士の費用負担だと思います。施主さんと直接契約か？など、どういう立場で家づくりに関与しているかにもよりますが……
具体的には私なら、間接照明を変更した方が良いような気がしますが、そこは、やり直しの方向性が出てからの話かなと思います。
まずは、設計士に問うてみてはいかがでしょう？「これで、問題ないというなら、一度、このことで建築基準法の行政管轄部局に相談するが、よろしいか？」と。
政令指定都市なら市役所の建築指導課か、建築課です。
県なら、愛知県でしたらこちら（右上リンク）。
http://www.pref.aichi.jp/kenchikushido/
設計士なら、一級建築士ないし二級建築士の資格で仕事をしているはずなので、その資格に係る業務停止を命令できる部局になります。
私も、具体的な契約（職務委託）状況などがわからないので、適切なアドバイスになっているかどうかは、わからないのですが、一般論としては、そういうところではないかと思います。
ともあれ、本当に、ご不安なことだと思います。不安というのは、いちばん、あってはならないことです。あかねいろさんのご不安が、なんとか解消されますように、お祈り申し上げております。